¿Cada vez que llega una incapacidad a la oficina, se juega la paz mental de tu equipo de talento humano y el bolsillo de la empresa? Puede pasar que un descuido en el cálculo llegue a desatar multas de la UGPP, reclamos de la DIAN y, peor aún, la desconfianza de las personas que esperan su pago puntual. Por eso, lo mejor es aprender a dominar el proceso del pago de incapacidades con lupa, rapidez y cero dramas.

Dos tipos de pago de incapacidades, dos libretos distintos

Para saber cómo funciona el pago de incapacidades, debes saber que hay dos formas distintas de considerar la incapacidad:

• Enfermedad general: gripa, cirugías, dengue… lo que no sea accidente de trabajo. La empresa asume los dos primeros días al 100 %. De esta forma, desde el día 3 hasta el 90 paga la EPS al 66,67 % del ingreso base de cotización (IBC). Mientras que, del 91 al 180, la EPS baja al 50 %. Si la recuperación se alarga, entra Colpensiones. El tope legal para 2025 es de 1.000 salarios mínimos ($1.300 millones aprox.).
• Accidente o enfermedad laboral: la protagonista aquí es la ARL. Cubre el 100 % del IBC desde el primer minuto hasta que la persona regrese o sea pensionada. Nada de porcentajes raros ni días puente de la empresa. Eso sí, a partir de 2025, la UGPP ha empezado a exigir mayor trazabilidad en los reportes de afiliación y la correcta clasificación del tipo de accidente. Luego, si el colaborador no estaba afiliado correctamente, la cuenta completa se devuelve a tu mesa, con intereses y probable sanción del Ministerio de Trabajo.

Cálculo del pago de incapacidades en Colombia sin estrés

A continuación, te explicamos cómo calcular el pago de incapacidades en Colombia sin morir en el intento:

1. Identifica salario base. Primero, divide el salario mensual entre 30 días. Asegúrate de excluir bonificaciones no salariales.
2. Aplica porcentaje legal. 66,67 % en enfermedad general; 100 % en accidente laboral.
3. Asigna responsables. Empresa: días 1-2 (solo enfermedad general). EPS o ARL: el resto.
4. Actualiza Seguridad Social. Suma el salario laborado + auxilio de incapacidad y liquida Salud (12,5 %) y pensión (16 %).
5. Omite parafiscales. Toma en cuenta que, durante la incapacidad, se pausa SENA, ICBF y caja de compensación.
6. Registra en la PILA. Novedad “I” con fechas exactas. Guarda soporte por cinco años.

Te damos este ejemplo rápido sobre el pago de incapacidades. Laura gana $4.200.000. Lamentablemente, se incapacita 12 días por dengue:

• Salario diario: $4.200.000 / 30 = $140 000.
• Valor incapacidad día: $140.000 × 0,6667 ≈ $93.338.
• Empresa paga 2 días completos → $186.676.
• EPS cubre 10 días al 66,67 % → $933.380.

Para Seguridad Social, el IBC suma salario de 18 días laborados ($2.520.000) + auxilio ($1.120.056) = $3.640.056. Por lo tanto, sobre ese total, liquidas la Salud y Pensión; ni un peso de parafiscales.

¡Ah! Presta atención, pues en 2025, si el IBC mensual supera los 1.000 SMMLV, debes ajustar manualmente el cálculo para no exceder el tope legal permitido para el auxilio por incapacidad. Es decir, esto aplica especialmente para personal de altos cargos o salarios integrales mal liquidados.

Impacto del pago de incapacidades en la nómina y el flujo de caja

Un error de incapacidad contamina todo: retenciones, prestaciones, horas extras en Colombia y conciliaciones bancarias. Cada peso mal liquidado es una invitación a la UGPP para fiscalizar. Además, el talento se desmotiva cuando ve demoras o descuentos inexplicables. En ese sentido, evitar ese efecto dominó es cuestión de disciplina y automatización.

Sobre algunas señales de alerta a las que debes prestar atención, se encuentran, principalmente, los cambios bruscos e injustificados en el IBC mes a mes. Asimismo, los reembolsos de EPS o ARL que se demoran más de 30 días sin causa documentada. También, presta mucho cuidado a los reportes tardíos, ¡que multiplican intereses y sanciones!

El salario integral

Suena bonito… 10 salarios mínimos + 30 % de factor prestacional. Pero para incapacidades solo se toma la porción salarial. Así, si tu colaborador firmó un salario integral de 13 SMMLV (unos $16,9 millones), la base válida para incapacidad es 10 SMMLV (≈ $13 millones). Inflar la cifra de forma “creativa” solo logrará que la EPS reembolse menos y tu contabilidad quede con un hueco.

Ojo con 2025: la UGPP ha puesto bajo lupa los contratos con salario integral. Si el factor prestacional no está correctamente especificado o se incluyen valores variables, podrías enfrentar requerimientos por evasión de aportes.

Seguridad social y parafiscales: quién paga, qué y cuándo

Esto es sencillo de saber, respecto al pago de incapacidades:

• Salud y Pensión. Siempre sobre el IBC completo (salario trabajado + auxilio).
• Parafiscales. Se calculan únicamente sobre los días efectivamente trabajados. Si la persona pasó 12 días incapacitada, esos días quedan exentos de SENA, ICBF y caja.
• ARL. Mientras la persona esté incapacitada, no existe riesgo laboral, así que se suspende el aporte.

Reclamar a EPS y ARL sin morir en el intento

Estos son algunos consejos que te ayudarán a hacer el reclamo, fácil y sin estrés:

• Confirma el registro. Usa el portal de la entidad y verifica que la incapacidad esté cargada tal cual dice el papel.
• Arma expediente digital. Incapacidad original, legible, historia clínica, desprendible de pago y datos completos del trabajador.
• Diligencia el Formulario Único Digital. Debe ir: sin abreviaturas, sin tachones, sin emojis.
• Radica y guarda el número. Toma en cuenta que el contador de 15 días corre desde ese instante.
• Derecho de petición. Si el pago no llega en 15 días calendario, exige respuesta en máximo 10 días hábiles.
• Escala a SuperSalud. Luego, pasados 30 días sin giro, sube el caso.
• Cada día sin reembolso erosiona el flujo de caja. Prueba a llevar un tracking semanal, te evita sorpresas.

FAQ del pago de incapacidades

Estas son algunas preguntas frecuentes sobre el pago de incapacidades en Colombia:

• ¿La incapacidad cuenta para cesantías y prima? No. El auxilio por incapacidad no se considera salario, por lo tanto, no se incluye en la base para liquidar prestaciones sociales como cesantías, intereses a cesantías, prima de servicios ni vacaciones. Solo se liquida sobre el salario devengado efectivo.
• ¿Qué hago con las horas extras en Colombia durante una incapacidad? Las horas extras se deben pagar únicamente sobre los días efectivamente laborados. No debes incluir días del pago de incapacidades para calcular horas extras, ya que durante esos días el trabajador no está en condiciones de realizar trabajo. Incluso, incluirlos puede generar pagos indebidos y complicaciones con la UGPP.
• ¿Puedo suspender el contrato después de 180 días incapacitado? Sí, pero solo si cuentas con un concepto médico de rehabilitación que indique que el trabajador no puede regresar a sus funciones y previa autorización legal o acuerdo con el trabajador.
• ¿La EPS paga intereses si se retrasa el pago de incapacidad? Sí. La EPS está obligada a realizar el pago en un plazo máximo de 15 días calendario desde la presentación de la incapacidad. Si se retrasa más allá del día 30, se deben pagar intereses de mora calculados a la tasa DTF más 2 puntos porcentuales anuales, proporcional al tiempo de retraso.
• ¿Cómo responde la UGPP si encuentra errores en la liquidación de incapacidades? La UGPP emite un requerimiento formal solicitando la corrección o justificación en un plazo de 10 días hábiles. Si no se responde en tiempo o la justificación es insuficiente, se pueden imponer multas y sanciones económicas, además de requerir el pago de aportes no efectuados con intereses.

Checklist final antes de cerrar la liquidación de nómina

Quédate con estos tips finales sobre el pago de incapacidades:

• Registrar todas las incapacidades del periodo en el sistema.
• Verificar porcentajes correctos (66,67 % o 100 %).
• Sumar auxilio al IBC y recalcular Salud y Pensión.
• Excluir parafiscales por días no laborados.
• Generar y radicar Formulario Único Digital completo.
• Conciliar giros de EPS/ARL y contabilizarlos.
• Archivar soportes durante cinco años.

Extra 2025: Validar que ningún IBC supere el tope de 1.000 SMMLV en el periodo. Revisar contratos integrales y evitar inconsistencias salariales en PILA. ¿Y entonces? Simple: si todos los ítems quedan en “ok”, tu nómina puede meditar en paz.

El pago de incapacidades puede dejar de ser una pesadilla

Dominar el pago de incapacidades no es solo cumplir la norma: es mostrar a tu equipo que su salud importa y blindar la estabilidad de la empresa. Automatizar cálculos, documentar cada paso y reclamar en tiempo récord significa:

• Reputación interna al alza: las personas confían cuando su dinero llega puntual.
• Ahorro real: evitas multas invisibles que suelen sumar hasta 3 % de la nómina anual.
• Decisiones estratégicas: con datos en tiempo real, tomas previsiones con respecto a las ausencias, planificas reemplazos y mejoras productividad.

Con la Nómina Holística de Aleluya puedes automatizar el 100 % del proceso del pago de incapacidades, integrar EPS y ARL en un clic, recibir alertas preventivas y contar con reportes listos para auditoría. Así, tu liquidación de nómina se convierte en una comedia con final feliz con la tranquilidad financiera que todo negocio necesita. ¡Anímate a crear una cuenta en Aleluya!

Referencias Bibliográficas

• Ceballos, P. (2025, 8 de mayo). Incapacidades laborales en Colombia cambian este 2025: nueva resolución del Ministerio de Trabajo. La FM.
• Marroquin, M. (2025, 20 de marzo). Salario durante los días de incapacidad laboral: ¿quién lo paga, según la ley? El Tiempo.
• Mayorga Rincón, E. (2025, 14 de abril). ¿Tiene una incapacidad permanente parcial? Así puede solicitar el pago en 2025. El Tiempo.
• Sánchez González, M. (2025, 18 de marzo). ¿Quién paga la incapacidad de un empleado en Colombia? Semana.